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有关青蒿素的发明一直饱受争议，2009年，屠呦呦发表了由她编著的《青蒿及青蒿素类药物》后，同样参加“523”项目，并在改造青蒿素分子结构中作出关键贡献的中科院上海药物所研究员李英曾撰文称：这本书是为了宣扬中国中医研究院中药研究所和屠呦呦的功劳而写的，并不是为了全面介绍中国的青蒿素类药物而写的。“许多部分歪曲历史、无视当今现实，严重误导读者，影响极坏。应当给予揭露和澄清”。

李英在接受媒体采访的时候也表示这一发明此前曾获国家发明二等奖，并获香港、泰国等奖项，“但都是颁给集体”。

“因为‘文革’，中国的所有文章（无论是论文还是报刊上的文章），除了毛泽东的出版物和马列经典外，有段时间几乎都不标明作者，特别是个人作者，要么不标作者、要么用集体作者。为了平等而取消标明作者，带来其后更多争论，颇具讽刺意味。”饶毅告诉时代周报记者。

李英认为，屠呦呦用青蒿的乙醚中性提取物证明了青蒿的有效，是重要贡献，但屠呦呦对其他发明环节很难出力。

李英接受采访时表示：“屠呦呦的乙醚提取物有效确实再次激发了‘523’研究人员对青蒿的研究热情。1973年，云南省药物研究所和山东省寄生虫病研究所利用当地植物资源，也先后用溶剂汽油等其他有机溶剂从黄花蒿中分离出有效单体，一种白色的针状结晶，以后正式命名为青蒿素。”

一个不争的事实是，中医研究院用屠呦呦提取的结晶做临床实验结果不够理想并有毒副作用。而云南药物所罗泽渊等人提供的结晶通过李国桥等人的临床验证，证明确实对恶性疟尤其是脑型疟有效。

那么，青蒿素到底是谁发现的？

有关这一点，李国桥说，据说后来变得私底下都说是自己提取出的结晶，但是提取出结晶不见得就是青蒿素。因为青蒿里面有7种结晶，只有一种是青蒿素，只有肯定了临床效果的才是青蒿素。如果临床上拿不出效果来，这种结晶就不是青蒿素，问题就出在这里。

不仅如此，李国桥在接受媒体采访时表示，事实上云南方面并没有采用屠呦呦的乙醚提取方式，他们只是受到北京中药所的启示。因此双方的“提取的方法完全不一样，各有各的方法，云南当时选用的是溶剂汽油等有机溶剂，使用以后就有粗结晶出来了”。

“屠呦呦创造了用乙醚来制取青蒿素的方法，这是最原创最重要的发现，后来对青蒿的研究贡献也很多。诺贝尔奖励的主要是原创的思路(低温萃取)和思想的来源（葛洪《肘后备急方》），而非具体的产品。